Dans l’avion qui le reconduisait de Fatima à Rome a fait art de son sentiment, trois mois après avoir nommé un envoyé spécial pour approfondir la situation pastorale à Medjugorje (Bosnie-Herzégovine). Le pape François est revenu sur les présumées apparitions mariales, qui ont fait l’objet d’une Commission d’enquête internationale demandée en 2010 par Benoît XVI : « Personnellement je préfère la Vierge Mère, notre mère, et pas la Sainte Vierge chef du bureau télégraphique qui tous les jours envoie un message à telle heure : ce n’est pas la maman de Jésus. Puis il y a l’aspect spirituel et pastoral, des personnes qui vont là-bas et se convertissent, des personnes qui rencontrent Dieu, qui changent de vie … Ce fait spirituel-pastoral ne peut être nié ».